El 1 de mayo del 2006 inició el conflicto en el estado de Oaxaca, cuando miembros de la Sección 22 del Sindicato Nacional de Trabajadores de la Educación (SNTE) entregaron al gobierno de Ulises Ruiz un documento con las principales peticiones del movimiento.
El 22 de mayo comenzó el plantón indefinido de cientos de maestros en el centro histórico de Oaxaca, con el apoyo de organizaciones sociales. Los profesores alegaban que la respuesta al pliego petitorio fue nula, por lo que ocuparon varias calles de la zona.
El 1 de junio el movimiento bloqueó los cinco accesos al aeropuerto internacional de Oaxaca.
El 2 de junio se realizó la primera megamarcha con una participación de 80 mil personas en apoyo al plantón y en repudio al gobierno estatal. Ulises Ruiz, gobernador oaxaqueño, los emplazó a regresar a clases el 5 de junio.
El 5 de junio, el movimiento rechazó el ultimátum del gobernador debido a que no se había cumplido se demanda.
El 7 de junio se realizó la segunda megamarcha del movimiento.
El 8 de junio una comisión del magisterio encabezada por el secretario general de la Sección 22, Enrique Rueda, viajó a la Ciudad de México para entrevistarse con el Gobierno federal y buscar una solución al conflicto.
El 14 de junio se intentó desalojar el plantón del centro de la ciudad, pero fracaso el operativo de la policía estatal.
El 16 de junio el magisterio inició negociaciones con la Secretaría de Gobernación. Se realizó la tercera megamarcha en Oaxaca.
Entre el 17 y el 21 de junio se constituyó formalmente la Asamblea Popular del Pueblo Oaxaqueño, (APPO).
El 22 de junio el gobierno estatal convocó a una marcha en demanda de la liberación de Oaxaca.
El 23 y 24 de junio la asamblea estatal del magisterio democrático acordó que se mantendría el plantón y se intensificarían las acciones de protesta en la ciudad capital.
El 28 de junio se realizó la cuarta marcha contra Ulises Ruiz.
El 2 de julio triunfó el voto de castigo y el PRI perdió casi la totalidad de los distritos.
El 11 de julio fueron destituidos Jorge Franco Vargas, secretario general de Gobierno, José Manuel Vera Salinas, director general de Seguridad Pública, por su participación en el desalojo del 14 de junio.
El 17 de julio se canceló la realización del festival de la Guelaguetza. El gobierno estatal dice que es para evitar confrontaciones.
El 24 de julio cientos de personas participan en la Guelaguetza, evento realizado en Estadio del Instituto Tecnológico de Oaxaca.
El 1 de agosto cientos de mujeres rebeldes marcharon por las calles y ocuparon instalaciones de radio y televisión del gobierno del estado.
El 4 de agosto las mujeres que resguardan las instalaciones de la Corporación Oaxaqueña de Radio y Televisión denunciaron que un grupo de hombres detonaron petardos y armas de fuego en las cercanías del inmueble.
El 9 de agosto se intensificaron los hechos de violencia. Organizaciones sociales que transmiten desde Radio Cacerola 96.9 FM hablaron de "alerta roja" al tiempo que intentaron organizar retenes en carreteras.
El 18 de agosto se realizó un paro cívico estatal, se bloquearon las principales entradas a la ciudad de Oaxaca.
El 19 de agosto se anunció la creación y aprobación por parte de la secretaría de Gobernación federal, del autodenominado Consejo de Representantes Ciudadanos en el que participan entre otros, Samuel Ruiz, Francisco Toledo, Pablo González Casanova, Carlos Monsivais y Rodolfo Stavenhagen entre otros.
El 21 de agosto, luego de varias noches de disparos y detonaciones en las cercanías del cerro del Fortín y las instalaciones de Canal 9, desde donde transmitían integrantes de la APPO, fueron desalojados los plantones que hasta entonces allí se ubicaban.
El 15 de septiembre en Oaxaca se dio el grito popular de independencia.
El 21 de septiembre comenzó la marcha-caminata por la dignidad de los pueblos de Oaxaca hacia la Ciudad de México.
El 23 de septiembre se realizó otra marcha en Matías Romero en apoyo a la desaparición de poderes en Oaxaca. Ulises Ruiz "reapareció" en la capital del estado y amenazó a maestros con rescindir contratos y contratar jubilados en caso de no regresar a clases el lunes 25.
El 24 de septiembre se registraron nuevos hechos de violencia en el centro de la ciudad. En medio de una balacera, funcionarios públicos estatales y federales fueron rescatados por policías vestidos de civil. Integrantes de la APPO buscaban al gobernador en el hotel Camino Real.
El 25 de septiembre fracasó el ultimátum de Ulises Ruiz al magisterio para regresar a clases.
El 26 de septiembre la asamblea estatal de la Sección 22 anunció que los resultados de la consulta indican que la base magisterial decide continuar con las protestas hasta la caída del gobernador.
El 28 de septiembre la APPO decretó alerta máxima ante los ataques armados en distintos puntos de la ciudad y ante los distintos actos de violencia cometidos en la ciudad que pretenden provocar al movimiento social. Fracasó el paro convocado por la iniciativa privada, se registró actividad normal en transporte público y comercios. Luego de casi una semana de caminar, la marcha por la dignidad de los pueblos de Oaxaca avanzó por territorio poblano.
El 30 de septiembre aviones y helicópteros realizaron sobrevuelos de "reconocimiento" de acuerdo reportes del Gobierno federal. Se reportó el desembarco de tropas en los puertos de Salina Cruz y Huatulco. Concluyó la Asamblea Estatal de los Pueblos de Oaxaca. Entre los resolutivos se encuentran varias acciones de resistencia y solidaridad para las próximas semanas tanto en Oaxaca como en la Ciudad de México y otras regiones fuera del país.
El 1 de octubre se reportaron ataques violentos en los campamentos instalados en la zona de Brenamiel, donde se ubican antenas radiofónicas. Una avioneta sin luces sobrevoló durante más de media hora toda la ciudad.
El 2 de octubre continuaron las movilizaciones militares rumbo a la ciudad de Oaxaca. Marcharon por las calles de la ciudad en conmemoración de la matanza estudiantil de 1968.
El 3 de octubre la APPO y la Sección 22 del SNTE rechazaron asistir a la mesa en Gobernación por considerar que en ella participan los causantes del conflicto y solicitaron crear una mesa alterna.
El 4 de octubre fracasó el foro convocado por el secretario de Gobernación, Carlos Abascal. Al abandonar el encuentro realizado en la Ciudad de México, líderes comunitarios denunciaron ausencia del tema indígena en la propuesta de solución del Gobierno federal.
El 7 de octubre la marcha-caminata por la dignidad de los Pueblos de Oaxaca llegó al Valle de Chalco.
El 9 de octubre, luego de caminar más de 500 kilómetros, los marchistas instalaron un plantón a las afueras del Senado de la República. Funcionarios de la Secretaría de Gobernación y representantes de maestros y APPO acordaron discutir una propuesta para que la seguridad pública de Oaxaca esté a cargo de un mando federal.
El 11 de octubre inició oficialmente la visita de la subcomisión del Senado de la República para recopilar información sobre Oaxaca, participaron tres representantes del PRD, PRI y PAN.
El 12 de octubre senadores se reunieron con Ulises Ruiz en un hangar del aeropuerto de la ciudad de Oaxaca.
El 14 de octubre hombres armados abrieron fuego contra una barricada en los rumbos de la colonia Miguel Alemán.
El 16 de octubre comenzó en el Distrito Federal la huelga de hambre en apoyo a la desaparición de poderes en Oaxaca.
El 18 de octubre continuaron los disparos nocturnos contra campamentos y barricadas, así como actos de violencia en diversas partes de la ciudad.
El 19 de octubre, en apariciones casi simultáneas en la televisión y prensa corporativa, Ulises Ruiz, Flavio Sosa y Enrique Rueda Pacheco (gobernador y líderes de APPO y Sección 22, respectivamente), aseguraron que a más tardar el 30 de octubre ocurrirá el regreso a clases. Senadores mexicanos determinaron no declarar la desaparición de poderes, aun cuando reconocieron que Oaxaca vive en la ingobernabilidad. Miles de personas marcharon en Oaxaca para expresar su rechazo a la propuesta legislativa que favorece a Ulises Ruiz.
El 20 de octubre por la noche se escucharon disparos contra la casa del artista plástico Francisco Toledo. Hay inconformidad generalizada contra la dirigencia magisterial por falta de consulta para decidir el regreso a clases.
El 28 de octubre se registró la más violenta crisis desde que estalló hace cinco meses el conflicto social y dejó cuatro muertos, entre ellos el periodista estadounidense Bradley Roland Will y el maestro Emilio Alonso Fabián, quienes perdieron la vida por disparos de arma de fuego.
El 29 de octubre la Policía Federal Preventiva inició desde temprana hora la entrada al Zócalo de Oaxaca. Tras un largo y tenso día de avance y repliegue, durante la noche tomó el control de la plaza. La APPO se replegó en la universidad. El presidente de la Comisión Nacional de los Derechos Humanos, José Luis Soberanes, en un reporte preliminar, mencionó que al parecer dos personas murieron durante el operativo de la Policía Federal Preventiva.
